Die Satzung der John R. Warburg Stiftung vom Jahre 1888 wurde im Februar 1939 dahingehend geändert, dass ausschließlich "Juden im Sinne der 1. Verordnung zum Reichsbürgergesetz und Mischlinge ersten Grades, die in der Hansestadt Hamburg ihren Wohnsitz haben" in das Wohnstift aufgenommen werden dürfen. Seitens der Stiftungsaufsicht wurde den jüdischen Stiftungen "nahegelegt" ihre Satzung entsprechend zu ändern, ansonsten drohte die Aufhebung. Damit wurde das Wohnstift an der Bundesstraße 43 zu einem sogenannten "Judenhaus" und wurde in den kommenden Kriegsjahren immer wieder Ausgangspunkt und Sammelstätte für Deportationen in die Ghettos und Vernichtungslager. In Hamburg gab es 1941/42 etwa 80 Judenhäuser, von den 16 ehemalige Wohnstifte gewesen sind.
Im Oktober 1944 erfolgte durch die Staatsverwaltung der Hansestadt Hamburg die Auflösung der John R. Warburg-Stiftung, "weil die Erfüllung der Stiftungszweckes unmöglich geworden ist." Das Gebäude wurde bei Luftangriffen stark beschädigt und konnte nicht mehr verwendet werden.