Am 13. April 1937 wurde Paul Duysen von der Gestapo in „Schutzhaft“ genommen. Die Hamburger Oberstaatsanwaltschaft beschuldigte ihn, "zu Hamburg und an anderen Orten in den Jahren 1920 bis 1936 fortgesetzt handelnd mit anderen Männern Unzucht beziehungsweise widernatürliche Unzucht getrieben zu haben." Die Staatsanwaltschaft sah "Fluchtverdacht" gegeben und war um eine schnelle Anklageerhebung bemüht, um Duysen in einem "abgekürzten Verfahren vor dem Schöffengericht aburteilen zu lassen."
Als Duysen am 28. April 1937 vor den Richter geführt wurde, hatte er zwei Wochen Gestapo-Schutzhaft hinter sich. Seine Ehefrau Paula hatte ihn am dritten Tag seiner Schutzhaft versucht zu besuchen. Sie hatte zwar Zutritt in das Gefängnis erhalten, war jedoch nicht zu ihm durchgelassen worden. Tief besorgt von den Zuständen, denen sie dort begegnete, hatte sie einen verzweifelten Brief an die "sehr verehrte Geheime Staatspolizei" ins Stadthaus geschickt. "Auf mich hat [...] dieses alles heute einen derartigen Eindruck gemacht", schreibt sie über ihre Erlebnisse in der Haftanstalt, "dass ich das kaum wieder geben kann. [...] Wer weiss, in welcher Verfassung ich meinen Mann wiederbekomme. Krank und mit den Nerven zerrüttet." Nach der Haftzeit bei der Gestapo bekannte Paul Duysen unumwunden vor Gericht, seine "aufgeführten Theaterstücke beschäftigen sich alle mehr oder weniger mit homosexuellen Dingen" und seien "dichterisch verkleidete Selbstbekenntnisse.“ Duysen gab homoerotische beziehungsweise homosexuelle Kontakte zu. Der vorgeführte Belastungszeuge war ebenfalls wegen "unnatürlicher Unzucht" zu einer Gefängnisstrafe verurteilt und gab wie Duysen unter dem Druck des NS-Repressionssystems die vom Gericht erwünschten Erklärungen ab. Das Verhandlungprotokoll verzeichnet die Arten ihres Geschlechtsverkehrs inklusive Zeitpunkt der Ejakulation. Paul Duysen wurde zu zwei Monaten Gefängnis verurteilt.